
Figure 1 : Une flore intestinale variée est la base de notre santé. Elle peut prévenir des maladies et, dans certains cas, même les guérir.
Constipation ? Diarrhée ? Asthme ? La liste des troubles liés à l’intestin est longue. L’intestin a toujours été considéré comme le siège de la santé et de nombreuses maladies de civilisation peuvent être attribuées à un déséquilibre du milieu intestinal. L’intestin est-il vraiment la cause des maladies, comme le dit le langage populaire ? Ou un microbiote perturbé n’est-il pas plutôt un symptôme supplémentaire d’une cause beaucoup plus profonde de notre époque ?
Dans notre intestin vivent des centaines de billions de microbes. Parmi eux, plus de 400 espèces différentes de bactéries. Et cette diversité intestinale est aussi individuelle dans sa composition que vous l’êtes. En même temps, cette communauté de vie est extrêmement sensible. Tout ce que vous ingérez influence votre corps et peut ébranler cet équilibre délicat.
Dans cet article, découvrez,
- comment reconnaître que votre milieu intestinal est déséquilibré,
- si l’intestin est vraiment votre deuxième cerveau,
- si l’état de votre intestin se manifeste aussi sur votre peau,
- comment votre microbiote peut être déséquilibré et
- ce que vous pouvez faire pour reconstruire votre intestin.
Comment savoir si mon microbiote intestinal est déséquilibré ?
Si quelque chose ne va pas dans votre intestin, vous le remarquerez très probablement. Les symptômes apparaissent généralement de façon directe et vous ne pouvez pas les ignorer : constipation ou diarrhée, de nombreuses intolérances, ballonnements ou même le syndrome de l’intestin perméable (leaky gut) avec ou sans sang dans les selles.
Ce ne sont toutefois que les symptômes évidents. La liste des manifestations d’un intestin déséquilibré est beaucoup plus longue. Y figurent aussi des symptômes qui, à première vue, n’ont rien à voir avec l’intestin, comme par ex. :
- dépressions,
- maladies cutanées comme l’acné, la rosacée, les eczémas,
- syndrome de fatigue chronique,
- infestation parasitaire,
- intolérance au gluten,
- allergies,
- haleine et maladies des gencives,
- obésité, etc.
[Voir Dr. Robynne Chutkan. Le microbiome - Guérir l’intestin]
L’intestin est-il notre deuxième cerveau ?
Certains scientifiques qualifient l’intestin de deuxième cerveau. [1] Il existe en effet une connexion entre votre intestin et votre cerveau, l’axe intestin-cerveau. Lorsqu’il est perturbé, cela peut entraîner des troubles psychiques comme par exemple la dépression.
Le concept de l’axe intestin-cerveau est encore débattu en science, mais il devient de plus en plus clair à quel point la composition microbienne de l’intestin est importante. C’est ici que se régulent les voies de communication bidirectionnelles entre l’intestin et le cerveau. Les perturbations de cet équilibre microbien sensible (dysbioses) entraînent un dérèglement de ces voies. La perméabilité de la barrière hémato‑encéphalique peut également être affectée, ce qui peut conduire à des troubles neurologiques. [2]
Beaucoup des recherches récentes se concentrent sur cette connexion intestin‑cerveau. Il a ainsi été démontré que la composition de la flore intestinale constitue un régulateur majeur de processus neurophysiologiques importants et qu’elle est altérée chez les personnes souffrant de dépression. [3] La manière exacte dont les signaux transitent entre l’intestin et le cerveau est encore étudiée. Un élément clé semble être la composition du microbiome. [4]
→ Le consensus issu de ces expériences et études montre qu’une composition défavorable du microbiome intestinal peut être co‑responsable de la dépression, tandis qu’une communauté microbienne bénéfique dans l’intestin peut améliorer les symptômes dépressifs. [5]
L’état de l’intestin se reflète‑t‑il sur la peau ?
Comme pour l’axe intestin‑cerveau, l’axe intestin‑peau fait l’objet de débats en science. Néanmoins, de plus en plus de preuves montrent qu’il existe un lien direct entre un microbiome intestinal déséquilibré et des maladies dermatologiques.
On considère ainsi que des affections cutanées telles que urticaire, rosacée et acné vulgaire pourraient être liées à une mauvaise colonisation intestinale. Pour ces troubles, on peut agir sur l’aspect cutané en favorisant un microbiome intestinal sain. [6]
Comment le microbiote se déséquilibre
« Les facteurs perturbateurs du microbiome sont partout –
dans les aliments que nous consommons, dans notre eau potable,
dans les produits que nous utilisons,
et dans les médicaments que nous prenons. »
Facteur : alimentation
La mauvaise alimentation avec des plats industriels prêts à l’emploi, trop de sucre raffiné, trop d’additifs dans les aliments, une eau potable contaminée – tout cela peut conduire à un milieu intestinal « malade » avec une prolifération de bactéries anaérobies et productrices de toxines.
Si vous mangez trop de viande, vous nourrissez les mauvaises bactéries. Si vous consommez beaucoup d’aliments sucrés, le champignon Candida albicans en profite. Candida adore le sucre, y compris sous forme de fructose de fruits ou de farine blanche.

Figure 2 : Les bactéries intestinales aiment la diversité. Plus l’alimentation est variée et riche en fibres, plus les microbes de la muqueuse intestinale sont en bonne santé.
Facteur : antibiotiques
Les antibiotiques à large spectre ont des effets dévastateurs sur la flore intestinale. La nature même du mot le suggère – antibiotique vient du grec signifiant « contre la vie » – dirigé contre la vie.
Les antibiotiques peuvent affecter jusqu’à 30 % des bactéries intestinales [7], entraînant une réduction rapide et importante de la diversité. [8] Ils tuent donc non seulement les agents pathogènes mais aussi les microbes utiles. [9]
Cela modifie la composition de la flore intestinale au profit de certains groupes bactériens, ce qui peut avoir des répercussions immédiates sur votre santé. Ces groupes bactériens modifiés peuvent en outre développer des résistances bactériennes et favoriser une plus grande susceptibilité aux infections, des troubles métaboliques, des inflammations, l’obésité et le diabète. [10]
Ce que beaucoup de personnes ignorent, c’est qu’un microbiote modifié par les antibiotiques ne peut pas se régénérer rapidement, de sorte que le milieu global peut rester perturbé pendant des mois voire des années. [11, 12, 13] Notez également : même si vous n’avez pas pris d’antibiotiques vous‑même, vous êtes peut‑être exposé à ces médicaments plus que vous ne le pensez. Les antibiotiques sont massivement utilisés dans l’élevage conventionnel. Par ailleurs, les résidus médicamenteux ne sont pas toujours complètement éliminés de l’eau potable.
« Le Dr Martin Blaser, spécialiste des maladies infectieuses, décrit cela comme une véritable épidémie de « microbes manquants ». Les symptômes varient, mais l’histoire est toujours la même : la prise excessive d’antibiotiques, souvent associée à une alimentation occidentale composée de nombreux aliments transformés et de peu de fibres végétales indigestes – la nourriture préférée des bactéries intestinales. »
Outre les antibiotiques, la cortisone, les bloqueurs d’acide, les analgésiques comme l’aspirine, le diclofénac, l’ibuprofène ainsi que de nombreux autres médicaments nuisent également à une flore intestinale saine. [14]
Facteur : bien‑être psychique
Une dysbiose – c’est‑à‑dire une flore intestinale déséquilibrée – influence‑t‑elle notre psychisme ou est‑ce un psychisme stressé qui déséquilibre nos microbes intestinaux ?
D’abord : oui, il existe des études montrant que notre intestin influence directement notre humeur et nos ressentis, et que les microbes intestinaux participent à la régulation de l’anxiété, de l’humeur, de la cognition et de la perception de la douleur. [15] Les déséquilibres peuvent aussi affecter les performances cognitives et le sommeil ainsi que provoquer de la fatigue. [16]
Inversement, il a aussi été démontré que des facteurs émotionnels comme le stress – surtout durant la petite enfance – peuvent modifier la composition du microbiome et avoir des conséquences physiologiques à l’âge adulte. [17]
Que puis‑je faire si je veux reconstruire mon intestin ?
Si vous décidez de rénover profondément votre intestin, il est conseillé de le nettoyer d’abord puis de le reconstruire.

Fig. 3 : Un nettoyage intestinal peut soutenir le microbiome.
Phase 1 : nettoyage intestinal
Le nettoyage s’effectue de préférence par une cure de jeûne avec lavements ou, mieux encore, des hydrothérapies du côlon professionnelles. En jeûnant, l’intestin a le temps de régénérer la muqueuse et de la reformer. Ainsi, votre microbiome peut retrouver sa composition d’origine.
La médecine traditionnelle ayurvédique connaît Triphala comme un « nettoyant intestinal ». Même si vous n’êtes pas adepte du jeûne, cette préparation classique convient parfaitement comme soutien lors d’une cure de nettoyage intestinal. Triphala, ou « trois fruits », est une combinaison végétale merveilleuse de l’Ayurveda. La composition des trois baies – amalaki, haritaki et bibhitaki – est un excellent nettoyant naturel pour l’intestin, car selon la tradition ayurvédique elle favorise la régénération de la muqueuse intestinale. Traditionnellement, Triphala était toujours associé au Guggul. Triphala nettoie et Guggul « chasse » le mucus. [18]
Le Shilajit est également reconnu depuis plus de 3 000 ans en Ayurveda comme un remède bénéfique pour la santé intestinale. Le shilajit, aussi appelé mumijo, est une substance résineuse brun‑noir provenant des cavernes de l’Himalaya. Personne ne sait exactement comment cette substance s’est formée ; elle est connue pour sa forte teneur en acides fulviques et humiques. [19] Ceux‑ci sont considérés comme de puissants adaptogènes, c’est‑à‑dire qu’ils aident le corps à compenser les facteurs de stress et à augmenter sa résistance.
De plus, le shilajit est souvent utilisé en médecine ayurvédique pour soutenir la digestion, détoxifier l’organisme et favoriser la clarté mentale.
Dans la tradition européenne, la tourbe à boire, les graines de psyllium, les amers et l’argile médicinale sont des composants bien établis des cures de nettoyage intestinal. Les graines de psyllium ont en outre la capacité de nettoyer l’intestin grêle. [20]
Phase 2 : reconstruction intestinale
Après une antibiothérapie, les médecins recommandent souvent des produits probiotiques pour reconstruire l’intestin. Pro signifie « pour » et biotique vient de bios – servant la vie. Les probiotiques sont donc des micro‑organismes vivants qui soutiennent votre intestin. Il ne s’agit pas de les prendre une seule fois pour que l’intestin soit à nouveau sain ; on les prend régulièrement afin qu’ils parcourent à nouveau l’intestin et contribuent à maintenir un milieu équilibré.
Les probiotiques étaient déjà connus dans de nombreuses cultures anciennes, sous forme de boissons fermentées ou d’aliments fermentés. On utilisait l’hydromel, le kombucha, le kvas ou la choucroute comme probiotiques naturels. Ces aliments régulent non seulement le milieu intestinal, mais il semble que les probiotiques puissent influencer un grand nombre de pathologies différentes. [Dr. Robynne Chutkan]
Même si les probiotiques ont leurs limites, ils peuvent néanmoins être utiles dans de nombreuses maladies. Les indications sont détaillées par le Dr Robynne Chutkan dans son livre « Le microbiome – Guérir l’intestin ».
Par exemple, les probiotiques soutiennent la santé mentale en cas de dépression via l’axe intestin‑cerveau décrit plus haut. [22] Par l’axe intestin‑peau, ils peuvent atténuer les symptômes allergiques et inflammatoires cutanés. [23]
Il a également été démontré que les probiotiques améliorent la fonction immunitaire. [24] En cas de troubles intestinaux ou d’infestation à Candida, les probiotiques apportent aussi un soutien. [25]
Quels probiotiques pour quels besoins ?
Le consommateur final a souvent des difficultés à choisir le bon probiotique. Le marché est confus et il n’est pas toujours clair quel probiotique convient aux besoins individuels. Par exemple, Lactobacillus acidophilus aide à fermenter le sucre en acide lactique. Lactobacillus salivarius supprime les bactéries pathogènes et réduit la production de gaz dans le syndrome du côlon irritable. [Dr. Robynne Chutkan]
La plupart des souches probiotiques appartiennent aux lactobacilles et aux bifidobactéries. Elles sont relativement bien étudiées et font partie des bonnes bactéries intestinales. Ainsi, L. acidophilus et L. casei peuvent se lier à des substances cancérigènes et les inactiver. Les probiotiques concurrencent les bactéries intestinales pathogènes par co‑agrégation pour se fixer aux récepteurs de la paroi intestinale, créant ainsi une compétition pour les nutriments. [26] C’est précisément pour cela qu’il faut éviter un déplacement du milieu en faveur des bactéries pathogènes.
Le meilleur chemin vers de bonnes bactéries lactiques passe par votre alimentation. En choisissant une alimentation pauvre en sucre, vous créez déjà une bonne base. Beaucoup d’aliments contiennent des substances prébiotiques qui constituent une bonne nourriture pour les bactéries probiotiques. Parmi eux figurent l’oignon, le poireau, l’artichaut ou le topinambour.
La médecin Natasha Campbell‑McBride décrit dans son livre quelle alimentation permet de reconstruire le microbiote. Au cours de ses années de travail avec ses patients, elle a découvert des voies de guérison révolutionnaires. Son célèbre concept GAPS pour la détoxification et la reconstruction du microbiote repose sur un régime spécial avec probiotiques, compléments alimentaires, bouillon de viande et autres aliments anti‑inflammatoires. [Voir Natasha Campbell‑McBride. GAPS - Gut and Physiology Syndrome]
Une autre voie praticable est la cure de nettoyage 3‑6‑9 d’Anthony William. Il adopte une approche différente et considère que les « bonnes » bactéries intestinales se reconstituent d’elles‑mêmes grâce à une alimentation saine et à la cure 3‑6‑9. [Anthony William. Heal Yourself - Medical Detox]
Conclusion
L’essentiel pour un intestin sain est d’éliminer les causes de la dysbiose telles que la mauvaise alimentation et le stress émotionnel, et de veiller à la reconstruction intestinale après la prise de médicaments en utilisant des moyens aussi naturels que possible. Le guide suivant vous accompagne vers un intestin florissant :
→ Adoptez une alimentation fraîche, pauvre en sucre et buvez une eau potable pure. Il est inutile de prendre des probiotiques si vous consommez des aliments industriels et des boissons trop sucrées.
→ La plupart des personnes souffrant d’une dysbiose se sentent mieux dès qu’elles évitent les produits laitiers et le gluten.
→ En tout cas, consommez de nombreuses plantes riches en fibres sous forme de fruits et légumes frais.
→ Les légumineuses et les céréales complètes sont une nourriture importante pour les microbes intestinaux.
→ Les « bons » glucides présents dans les fruits, les légumes, les haricots, le riz complet ou certaines céréales complètes sont importants.
→ Évitez en revanche les « mauvais » glucides provenant des sodas, des produits de boulangerie et d’autres produits céréaliers industriels.
→ Évitez également les substances irritantes pour l’intestin comme les additifs, émulsifiants, colorants, arômes, exhausteurs de goût et les aliments fortement transformés tels que plats préparés, surgelés, fast‑food.
→ Un excès de fructose n’est pas bon non plus ; il surcharge le foie et modifie le microbiote lorsqu’il est consommé en trop grande quantité (jus de fruits).
→ Le café, les tomates, les épices piquantes et les agrumes peuvent aussi irriter l’intestin.
→ Les aliments fermentés comme la choucroute ou le kimchi contiennent des bactéries vivantes (probiotiques) et des fibres prébiotiques. « Prébiotique » signifie qu’ils doivent encore être transformés dans l’organisme. (Plus d’infos sur la fermentation ici.)
→ Ne prenez pas d’antibiotiques pour chaque petit problème ; discutez de la nécessité avec un médecin orienté en naturopathie !
→ Faites une réhabilitation intestinale après la prise d’antibiotiques.
« Voir des patients en contrôle qui se sentent mieux et n’ont plus besoin de médicaments,
parce qu’ils ont changé leur alimentation et leur mode de vie,
sont les victoires qui me rendent heureux. »
Livres recommandés sur le sujet :
- Dr. Robynne Chutkan. Le microbiome - Guérir l’intestin
- Denise Kruger. Le grand livre de recettes GAPS
- Dr. Natasha Campbell. GAPS - Gut and Psychology Syndrome
- Dr. Natasha Campbell. GAPS - Gut and Physiology Syndrome
- Giulia Enders. Le charme de l’intestin
- Anthony William. Heal Yourself - Medical Detox
- Erich Rauch. Nettoyage intestinal - L’original selon Dr med. F. X. Mayr
Avertissement
Une antibiothérapie peut être absolument nécessaire et sauver des vies. Dans de nombreux cas, elle peut toutefois être évitée. Demandez à votre médecin des alternatives pour soutenir au mieux votre santé et celle de votre intestin.
Cet article ne remplace pas le traitement par un thérapeute qualifié. Il est basé sur des études et la littérature actuelle. Il ne doit pas être utilisé pour l’autodiagnostic ou l’automédication. Discutez, le cas échéant, des idées tirées de cet article avec un thérapeute de confiance.
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